Jörn Thießen studierte evangelische Theologie und Germanistik in Kiel. Seinem Engagement als stellvertretender Landesvorsitzender der Jusos folgte von 1986 bis 1993 die Anstellung als persönlicher Referent und Redenschreiber des schleswig-holsteinischen Ministerpräsidenten, Björn Engholm.
Von 1993 bis 1994 war er Assistent am Institut für Systematische Theologie der Christian-Albrechts-Universität in Kiel. Nach seiner Ordination im Jahr 1994 arbeitet er als Pastor in Hamburg. Von 1998 bis 2002 war Jörn Thießen persönlicher Referent des Bundesministers für Verteidigung, Rudolf Scharping. 2002 wechselt er in das Sozialwissenschaftliche Institut der Bundeswehr, wo er bis 2005 als Direktor und Professor tätig war. Von 2005 bis 2009 war Thießen Mitglied des Deutschen Bundestages. Er gehörte dem Verteidigungsausschuss an.
Seit 2010 ist Thießen Leiter des Fachbereiches Human- und Sozialwissenschaft und Direktor bei der Führungsakademie der Bundeswehr.
